西藏历史之四（元代西藏历史）

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第四章　元代西藏历史
　　12世纪末到13世纪初，蒙古族在北方草原兴起，1206年成吉思汗在统一蒙古各部建立蒙古汗国后，走上了创建使中国各地区和各民族空前大统一的新王朝的道路。在这一历史巨变过程中，广大藏族地区也先后汇入统一的洪流。西藏地区也加入这一中国走向统一的历史进程，是藏族地区与中原地区、北方草原地区长期经济、文化和政治交往带来的必然结果。
　　在灭西夏及西征中亚的战争中，蒙古王室与藏族及藏传佛教发生了接触和交往，1218年成吉思汗在西征中亚时曾率兵进入喀什噶尔、于阗等地，还追击逃敌直到印度西北，曾经打算通过阿里返回蒙古，走了一段后中途折回。当时可能有一支蒙古骑兵从叶尔羌南下进入到西藏西端的阿里（包括现今在境外的拉达克），占领了部分地区，设置过都元帅。1235年，蒙古首次分路出兵大举进攻南宋，窝阔台命其子阔端负责指挥西路，由陕甘南下四川。阔端在进军中，经过秦、陇一带藏族地区，招降了一些藏族首领。为了巩固对西夏故地和甘青藏族地区的统治，保障蒙古军南下四川时的侧翼安全，阔端决定对西藏采取军事行动，把藏族地区纳入蒙古汗国的统治。经过短期准备，约在1239年阔端派部将多达那波带领一支蒙古军队，从甘、青藏区出发，前往西藏。由于西藏分散的教派和家族势力无法组织有效的抵抗，蒙古军很快就打到拉萨北面，控制了西藏主要地区，并设立驿站供应物资。接着，多达那波转而寻求与藏传佛教的主要领袖人物建立关系。看来他很清楚西藏各教派当时的情况，因此他首先找的是前藏地区影响最大的止贡寺的京俄仁波且扎巴迥乃（1175－1255），请他到蒙古去会见阔端。虽然扎巴迥乃当时担任止贡寺的住持，但是他并不完全属于止贡噶举派，而是属于帕竹噶举派，他出身于今西藏桑日县境内帕木竹地方的朗拉色家族（亦称朗氏），曾经担任帕竹噶举的主寺丹萨替寺的住持。扎巴迥乃虽然代表西藏僧俗首领向多达那波呈献了西藏户籍，表示归附，但是对去蒙古却故意推托，他向蒙古人推荐萨迦派的萨迦班智达，请他们邀请萨迦班智达，他还鼓动和资助萨迦班智达前去，促成了萨迦班智达前往凉州会见阔端。
　　萨迦班智达贡噶坚赞（1182－1151）是萨迦五祖中的第四祖，幼年即跟从伯父扎巴坚赞受戒出家，后又以1204年进藏的印度高僧喀且班钦释迦室利为师受比丘戒。他精通大小五明，著述很多，曾云游乌思藏各地，有许多弟子，对政教事务和讲经传法有丰富经验，是当时西藏佛教人士中最著名的大师之一，他主持的萨迦派是当时后藏地区实力最强的一派。在接到阔端的邀请信后，他慨然应允前往凉州。在动身之前，他对萨迦派的事务做了仔细安排。看来萨迦班智达对他去凉州后可能发生的各种情况都作了充分考虑，为了将萨迦派教主的职务按习惯顺利地传给其侄子八思巴，所以他决定把八思巴兄弟带在身边，同去凉州。萨迦班智达一路上会晤了各地僧俗领袖，解释他去蒙古是为佛教及众生的利益，特别是他因扎巴迥乃的请求到止贡寺会见，接受扎巴迥乃赠给的财物，这表明萨迦班智达到凉州并不仅是他个人或萨迦派一派与蒙古汗国之间的关系，他是代表包括京俄仁波且扎巴迥乃在内的西藏地方的主要僧俗首领，前去凉州与阔端会谈和建立关系的。
　　萨迦班智达一行经过近两年的跋涉，于1246年八月抵达凉州，并在1247年年初与阔端会谈，议定了西藏归附蒙古汗国的办法，主要是西藏各僧俗首领向蒙古降附纳贡，承认是蒙古汗国的臣民，接受蒙古的统治，而蒙古则维持原来的各地僧俗首领的职权，并正式委任给相应的官职。萨迦班智达以佛教领袖的身份将这些条件转达给西藏各个僧俗领袖，并规劝他们接受。萨迦班智达从凉州给在西藏的僧俗首领和亲友弟子发出许多信件，向他们指出，为了佛教和藏族的长远利益，应当放弃武力抵抗的打算，按照商定的条件归顺蒙古。这些信件中最著名的是《萨迦班智达贡噶坚赞致乌思藏善知识大德及诸施主的信》（亦译《萨迦班智达致蕃人书》，全文收入《萨迦世系史》中）。
　　1251年年底，萨迦班智达在凉州去世。临终前他将自己的法螺和衣钵传给八思巴，并将众弟子托付给八思巴，使八思巴成为萨迦派的第五任教主。此时八思巴仅十七岁，随即开始了他的宗教和政治活动。1251年蒙哥汗继位为蒙古的大汗，为调整蒙古各宗王贵族的关系，进行新的分封，随即下令在蒙古汗国统治下的各个地区进行扩户，即清查户口。这次范围广泛的扩户，也包括藏族地区在内。在派人进藏清查户口后，蒙哥汗将西藏分封给自己的兄弟，蒙哥汗得到前藏的止贡和后藏的藏郭莫（似即后来的曲弥万户），忽必烈得到前藏的蔡巴，旭烈兀得到前藏的帕竹、雅桑和汤卜赤，阿里不哥得到前藏的达隆巴，阔端一系保留了萨迦作为封地。这些蒙古王子在西藏得到封地，又与该封地内的主要教派联系，把其宗教首领奉为自己的上师，还把地方首领委派为自己的官吏。止贡、帕竹、蔡巴万户就是在这个时期建立起来的。
　　1252年6月忽必烈奉蒙哥之命，从甘肃进攻四川，驻兵于六盘山。因四川南宋军民坚壁清野，依山险抵抗，蒙古军进展困难，于是忽必烈向蒙哥奏请，以蒙古骑兵绕道藏族地区，攻取云南大理，对南宋采取大迂回大包抄的战略。蒙古军的这一战略，在军事史上是没有先例的，要穿过数千里人烟稀少的藏族游牧地区，在没有后勤保障的情况下，就需要依靠已经和蒙古建立起关系的藏族首领的支持和帮助。正是在这种情况下，忽必烈派人去请在凉州的萨迦班智达和在康区一带活动的噶玛拔希到六盘山与他会见。当时因萨迦班智达已经去世，八思巴应召到六盘山会见忽必烈，双方建立了密切的关系，在1253年新年之际，八思巴给忽必烈传授了萨迦派的喜金刚灌顶，《萨迦世系史》说忽必烈接受灌顶时，还赐给八思巴羊脂玉制成的印章以及镶嵌珍珠的袈裟、法衣、伞盖、金鞍、乘马等，实际上通过这种关系，八思巴成为忽必烈在宗教方面的参谋和助手，并跟随忽必烈到开平府居住。噶玛拔希到忽必烈的营帐比较晚，忽必烈对噶玛拔希也很感兴趣，要求他长期留在自己身边。但是噶玛拔希没有答应，而是辞别忽必烈到凉州、甘州一带传教，此时蒙哥汗得知他的行踪，几次遣使前来迎请，噶玛拔希接受邀请，于1256年到达在漠北的昔剌兀鲁朵的蒙哥汗的营地。据说他向蒙哥汗和阿里不哥传授佛法，受到封赏，据说蒙哥汗还赐给他一顶黑色僧帽，因此其转世系统被称为噶玛噶举黑帽系。忽必烈即位后，噶玛拔希一度因为有支持阿里不哥与忽必烈争夺皇位的嫌疑而被关进监狱，不久忽必烈又准其回藏。在元代西藏的十三万户中，噶玛噶举派没有自己掌握的万户府，但是其宗教影响却一直很大。黑帽系三世活佛攘迥多吉（1284－1339）曾两次受元朝皇帝的召请到大都传法，元顺帝曾封他为“圆通诸法性空佛噶玛巴”、“灌顶国师”，并赐给玉印，封诰等。黑帽系四世活佛乳必多吉（1340－1383）也很有名，1356年元顺帝就传旨命他进京，他于1358年从楚布寺寺出发，1360年到达大都，在元顺帝宫廷中活动了四年，被封为“大元国师”，赐给他玉印，1363年他离开大都回藏。他的侍从人员中还有被封为国公、司徒的，都得到赐给的印信封诰。
　　1269年蒙哥汗在率兵攻打南宋时在四川军中去世，1260年3月，忽必烈在一批王公大臣的拥戴下，在开平宣布即位为大汗。同年5月，阿里不哥也纠合一批宗亲贵族，在阿勒台住夏之所宣布即大汗位。双方随即展开一场激烈的争夺汗位的战争。到1264年7月，阿里不哥一方战败，被迫归降忽必烈。忽必烈坐稳的大汗宝座，使他得以摆脱蒙古贵族中的守旧势力的牵制，放手变通祖制，参用汉法，吸收汉地历代王朝的经验，建立新王朝的统治体制。因此可以说，忽必烈即位标志着蒙古汗国转变为中国的新王朝－元朝。还在1260年年底，忽必烈就封八思巴为国师，赐给玉印，命他总管全国的佛教事务。1264年，忽必烈又派八思巴和他的弟弟恰那多吉从大都动身返回西藏，临行时，忽必烈赐给八思巴一份《珍珠诏书》，并封恰那多吉为白兰王，赐给金印。对他们兄弟的这种封赐，显然与委托他们去办理藏族地区的行政管理事务有关。就在这个时期，忽必烈在中央政府中设立总制院（到1288年改名为宣政院），作为掌管全国佛教事务和藏族地区的行政事务的中央机构，并命国师八思巴领总制院事，国师之下设总制院使掌管日常事务，院使之下还有同知、副使、佥院等官员。宣政院的院使初设时为两员，后增减不一，最少时为一员，多时至六员、十员。《元史》释老传说：“其为使位居第二者，必以僧为之，出帝师所辟举”，百官志说：“其用人则自为选，其为选则军民通摄，僧俗并用。”可见宣政院自己有一定的人事权，其官员中有僧人，也有俗人，有蒙古贵族，也有藏族人，担任过宣政院院使的最著名的藏族人是忽必烈的丞相桑哥。宣政院使作为朝廷重要官员，是由皇帝直接任命的，这就确定了八思巴建立的西藏的行政体制从一开始就是与元朝中央的行政体制相联系的，是元朝行政体制的一部分。而且八思巴的领天下释教特别是统领藏传佛教各派寺院和僧人又同时领总制院事的这种身份，标志着忽必烈和八思巴对西藏行政体制的设想是政教结合、僧俗并用的一种行政体制。元朝在藏族地区设置的各级机构的高级官员，由帝师或宣政院举荐，上报皇帝批准，授与金牌、银牌、印章、宣敕。从藏汉文史料看，藏族世袭贵族和佛教僧人任职的，多由帝师举荐，宣慰使、都元帅、达鲁花赤等官职，多由宣政院举荐。宣政院还要管理西藏地方的法律执行情况，派员进藏清查户籍，审理万户之间的纠纷，覆核案件。另外，宣政院还要配合枢密院负责元朝在藏族地区的军事行动。
　　八思巴1265年返回西藏后，依照西藏各个地方政教势力管辖范围的大小，将他们划分为千户和万户，委任各政教首领担任千户长和万户长，归属元朝扶植的萨迦地方政权管理。这个政权的最高首领即是八思巴，1269年八思巴返回大都，进献他遵照忽必烈的诏命创制的蒙古新字，忽必烈晋封他为帝师，以后元朝始终设置有帝师一职，多数情况下由萨迦款氏家族的成员担任，在款氏家族无人担任时，则由萨迦派的高僧担任。八思巴以后是历任帝师。当帝师住在大都时，萨迦政权即由萨迦寺的住持即通常所说的萨迦法王负责。由于帝师和萨迦法王都是出家僧人，又设萨迦本钦，在帝师和萨迦法王之下负责具体的行政事务，萨迦政权直接管辖有约一个万户的属民，故专设朗钦管理。八思巴还仿照蒙古宗王的怯薛组织（掌管宿卫的侍从机构）为自己设立拉章组织，由一批侍从官员组成，后来拉章制度为许多宗教首领效仿，成为藏族地区掌管一方政教权力的宗教领袖必须的侍从组织。各个万户和千户中，有的万户长和千户长还直接到大都朝见，得到元朝皇帝的封授。藏文史籍习惯上说元代西藏划分为十三个万户，实际上各个万户的设置以及他们和萨迦的关系前后有过一些变化。
　　约在1280年，在平定萨迦统治集团内部斗争即贡噶桑布之乱和八思巴去世之后，元朝在西藏地区设置了乌思藏宣慰司，到1292年平定止贡派反对萨迦派的之战乱后，忽必烈依宣政院的建议，又把乌思藏宣慰司与纳里速都元帅辖区合起来，设置乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司元帅府。乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰司都元帅府的官员，除从地方僧俗领主中委任的万户、千户之外，见于《元史》百官志记载的有：宣慰使五员，同知二员，副使一员，经历一员，镇抚一员，捕盗司官一员。此外，附属于宣慰使司都元帅府的有：纳里速古儿孙元帅二员，乌思藏管蒙古军都元帅二员，乌思藏处转运一员，担里管军招讨使一员，担里脱脱禾孙一员。它主要的职责是传宣政令、管理驿站和元朝在西藏的驻军。从藏文史料看，有一些萨迦本钦曾经在元朝中央的宣政院担任官职，然后回西藏担任萨迦本钦，有的萨迦本钦还同时兼任乌思藏宣慰使的职务。例如萨迦本钦甲哇桑布曾经为帝师贡噶坚赞掌文书，作为贡噶坚赞的侍从到朝廷。先被任命为宣政院的官员，后来又被任命为乌思藏本钦，返回西藏，娶妻生子。后来他又再次到朝廷，多次次担任宣政院的长官，得到过封诏，前后在朝廷住了十八年。后来他又回到萨迦，再次担任萨迦本钦。大司徒绛曲坚赞说“他是官至一品的官员，他是荣禄大夫，三任院使，要撤职或处死，只有皇帝才有权。”元朝还几次派遣官员入藏，在萨迦本钦的配合下，清查西藏各地的户口，确定各个万户的贡赋，并且建立驿站以及保证驿站交通的乌拉差役制度，在此基础上，元朝在西藏屯驻军队，设立各级官府，保证它对西藏的统治和政令的推行。

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　　在元朝扶植下掌握西藏地方权力的萨迦款氏家族，在八思巴去世后不久，就出现内部的权力斗争。先是八思巴的侄子达玛巴拉继任帝师后，宣称他的叔伯兄弟达尼钦波桑波贝不是真正的萨迦款氏家族血统，由忽必烈将其流放到江南杭州。直到达玛巴拉去世后没有继承人，元成宗才把达尼钦波桑波贝接回，承认他是款氏家族成员命他多娶妻生子，因此达尼钦波桑波贝有七个妻子，十二个儿子。1322年达尼钦波桑波贝去世后，家族内部矛盾又有发展，1325年在达尼钦波桑波贝的儿子帝师贡噶洛追坚赞的主持下，将他众多的异母弟兄们划分成了细脱、拉康、仁钦岗和都却四个拉章系统，把萨迦款氏家族从元朝得到的权势和封爵分配给了他四个庶母的儿子们。细脱拉章得到了萨迦寺的法座，拉康拉章得到了帝师的职位，仁钦岗拉章似乎是与细脱拉章分享萨迦法座的继承权。都却拉章得到的是白兰王的封爵。在萨迦寺总的法座之下，各个拉章又有自己的座主，父子相承。在经济上各个拉章拥有各自管辖的属民、庄园和城堡。萨迦派尽管与往昔一样得到元朝的大力支持，各个拉章也都有显赫的官职，仍凌驾于乌思藏十三万户之上。但在后来遭到帕竹万户强有力的挑战时，内部分裂松散的弱点均暴露无遗，造成萨迦派的权势迅速瓦解。
　　正当萨迦地方政权危机四伏、内部纷争不休之时，在山南雅隆河谷，帕竹万户正在朗氏家族的绛曲坚赞（1302－1364）的领导下不断积蓄势力，悄然兴起。绛曲坚赞少年时曾被送到萨迦去当达尼钦波桑波贝的随从，学习佛教，同时也学习管理行政事务的知识，这是当时西藏各个万户的贵族首领和萨迦保持关系的一种习惯作法。1322年绛曲坚赞出任万户长后，整顿吏治，发展经济，并训练出一支战斗力较强的军队。绛曲坚赞认为，以前旭烈兀的封地范围都是帕竹万户的领地，至少是忽必烈及宣政院历次颁发文告圣旨中规定的领地，凡是在前几任万户长时丢失给其他万户的，都应该收回。他的这一想法不仅符合元朝的法度，也符合复兴的帕竹大小领主及属民的愿望。经过十几年中的多次挫折，绛曲坚赞终于打败了和帕竹有领地争端的邻居雅桑万户，收回了失地。萨迦不愿意帕竹万户过分强大，以调解纠纷的名义来压制帕竹，几次想以合法的名义撤换绛曲坚赞，都因绛曲坚赞的抵制而失败。1346年萨迦本钦甲哇桑布纠集同样不愿帕竹强大的蔡巴万户和羊卓万户的军队，兵临乃东城下，在绛曲坚赞和雅桑万户长在本钦面前诉讼时逮捕绛曲坚赞，逼迫帕竹交出乃东，由于绛曲坚赞事先作了安排，本钦未能占领乃东，只好将绛曲坚赞押解到后藏，正在这个关键时刻，萨迦发生内争，甲哇桑布被撤职，绛曲坚赞被放回乃东。1348年8月，萨迦本钦旺尊调集蔡巴、羊卓等万户联军再次进攻帕竹，由于萨迦临阵易帅，指挥失利及内部不和，在万众一心、背水一战的帕竹军队的面前节节失利，屡屡败阵，帕竹占领了雅桑大部、迫使蔡巴万户割地求和。1350年绛曲坚赞派遣使者进京奏报，元顺帝承认了绛曲坚赞的既得权力和地位，赐给万户长银印两枚。1253年帕竹再次打败萨迦纠集的蔡巴、止贡等万户的军队，并利用萨迦的内部矛盾，与甲哇桑布结盟，反攻到萨迦，占领了萨迦寺和乌思藏的大部分地区，取代了萨迦派在西藏的统治地位。1358年，绛曲坚赞正式从萨迦派手中收缴了萨迦本钦的大印，并按元朝皇帝的圣旨经办帝师索南洛追赴京就职事宜。1260年，绛曲坚赞再次派遣喜饶扎西等人进京，请求元朝皇帝的加封。元顺帝赐给绛曲坚赞虎钮印章和封诏，规定贡噶、仁蚌等前后藏地区为绛曲坚赞的辖地，册封绛曲坚赞的部下释迦仁钦为曲弥万户长。在乃东当着蒙古都元帅和乌思藏宣慰司官员，举行了宣读封诏的盛大仪式。接着按帕竹派的旧规，在丹萨替寺隆重举行了绛曲坚赞启用新虎钮印章（相当于原萨迦本钦的印章）的仪式，这标志着帕竹地方政权取代萨迦地方政权管理乌思藏地区过程的正式完成。
　　元代，由于国家统一，西藏社会比较稳定，经济有了较大的发展，西藏的科技文化事业也成果迭出，逐步走向了西藏历史上科技文化最为繁荣的时期之一。由于元代佛学的发展，各种译经、注疏、著述学风的形成，带动了其它诸如历算、医学、天文、艺术、文学、历史等各个学科领域学术活动的开展，并对后世的科技文化产生了不小的影响。元朝时期，萨迦地方政权也十分注重文化建设，八思巴往来于萨迦和大都之时，注意收集各种古籍和经典。与此同时，一些印度、克什米尔、尼泊尔等地的僧人前往西藏或萨迦讲经听法，也带来不少佛经典籍。八思巴每得到一种新的图书，总要命人抄写、译校，保存在萨迦。一些重要的佛经，往往还要用黄金、宝石研成粉末和汁液书写，以期长期保存。这些佛教经典都珍藏在萨迦寺内，萨迦南北两寺当时都有数量众多的藏书，仅萨迦南寺的藏经墙，保存至今的佛教典籍多达六万多函，其中还有不少旷古稀世的贝叶经文献，以其抄写精美、规格宏大而著称于世。在元代，西藏还编纂和缮写过好几部大藏经。最负盛名的莫过于纳塘本大藏经，和布顿及蔡巴·贡噶多吉分别编纂的《丹珠尔》和《甘珠尔》目录。对后世的大藏经木刻版的编篡和刊印都产生了重要的影响。雄敦多吉坚赞等人从1260年开始到1286年的二十多年中，在八思巴等萨迦派首领的支持下将古印度学者旦志所著的讲述修辞学理论的著名著作《诗镜论》译成藏文，并进行了一些修订，这在藏族文学史具有重要的意义。《诗镜论》经过藏族文人的消化吸收后，在藏族的文学中逐渐形成了一种崭新的文学创作风格流派――诗镜论流派。音乐、美术在元代时期也有了新的发展。音乐领域内的重大成果首推萨迦班智达·贡噶坚赞的名著《乐论》。美术在元代也获得了巨大的成就。集建筑、雕塑和绘画三种艺术形式为一体的萨迦寺和夏鲁寺就是其中最为杰出的代表作。据考证，萨迦南寺大经堂的八思巴朝见忽必烈和密集金刚等密宗内容壁画和罗朗拉康中的呼金刚壁画残片为元代时期作品。作品精美细腻，体现出中亚和元代中原艺术影响的痕迹。萨迦寺壁画中最为著名的为坛城壁画，据记载本钦·阿迦仑扎西时期，曾在大殿顶层一共绘制了639幅坛城壁画。这些壁画影响到夏鲁、纳塘、江塔和明代白居寺等寺院坛城壁画的制作。夏鲁寺在元代前后历经三次不同规模的修耸和扩建，最后定型于古相·贡噶顿珠和布顿大师时期。系元朝宫廷式艺术影响下的藏传佛教寺院建筑，吸收了内地的歇山琉璃式样和元官式结构，为典型的藏汉合璧式建筑。史学方面在元代也涌现出一批现代学者们推崇的重要历史著作。一批以“伏藏”形式出现的据称是写作于吐蕃王朝时期的史籍如《松赞干布遗教》、《莲花生大师传》、《娘氏教法史》、《第吴教法史》等，在元代得到广泛的流传。由萨迦派僧人索南坚赞撰著的《西藏王统记》（一译《王统世系明鉴》）、由蔡巴·贡噶多吉撰著的《红史》和布顿·仁钦朱著述的《布顿佛教史》都是写作于元代的具有重大历史价值的信史，他们都在书中使用了由在河州的藏传佛教高僧和汉族学人共同翻译的汉文史籍《新唐书吐蕃传》的资料，吸收了部分汉文史书的编写方法和体例。这种藏汉史学的交流，对后世明清的藏文史学著述产生了不小影响。
　　由于元代西藏被正式纳入元朝版图和元朝对西藏的具体施政以及西藏和祖国内地之间官员、僧人、商贾的相互来往，进一步推动了西藏和内地经济、政治和文化科技的全面交流发展，共同促进和繁荣了包括了藏族、蒙古族在内的统一的多元的中华民族文化。元代内地的建筑技术、造船技术、陶瓷工艺、雕版印刷技术及器材等科技文化相继传入西藏，对藏族的科技文化和经济的发展起到了重大的推动作用。与此同时，藏传佛教及其文化艺术也先后传入中原内地，对中原内地的文化艺术也产生了重要的影响。从忽必烈时期开始，元朝的诏旨、公文、印章、牌符、碑刻、钱币上八思巴创制的蒙古新字（即八思巴字）得到了广泛的推行和使用。元朝此外还用八思巴字刻版印行过《蒙古字孝经》、《大学衍义择文》、《忠经》、《蒙古字百家姓》、《蒙古字训》和蒙文译本《萨迦格言》等书籍。在当时推行政令，传播文化方面起到了重要的作用。元代在北京和杭州形成了两个藏传佛教艺术创作中心。藏传佛教艺术伴随着藏传佛教在内地的传播而被介绍到内地。主要包括佛塔、佛寺的兴建和金属、石刻造像及木刻，有许多重要文物遗留至今，如北京妙应寺白塔、居庸关云台、杭州飞来峰密教石刻等。

大麦茶

西藏与中国不可分割

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第五章　明代西藏历史

　　1368年朱元璋在南京称帝，建立明朝。当年明军北伐元顺帝逃离北京。攻取洮、岷等州，并进克元朝的吐蕃等处宣慰使司都元帅府（脱思麻宣慰司）的治所河州，1370年攻取洮、岷等州，并进克元朝的吐蕃等处宣慰使司都元帅府（脱思麻宣慰司）的治所河州，与此同时，明军另一路攻下元顺帝所据的应昌府，元顺帝不久病死，在北元势力大部被歼灭的情况下，原先一直忠于元朝的西北藏族首领才陆续顺应形势归附明朝。1370年河州地区的故元吐蕃宣慰使何锁南普降明，明太祖派人深入乌思藏地区招抚政教首领，1372年萨迦派的故元摄帝师喃加巴藏卜等归降明朝，并带领六十多人赴南京朝见了明太祖。喃加巴藏卜被明太祖封为“炽盛佛宝国师”，他还先后两次向明朝举荐故元的藏族旧官一百多人，他们都受到明朝的封赏。当时控制乌思藏大部分地区的帕竹政权的第悉（帕竹政权的首领的称号）是大司徒绛曲坚赞的侄子释迦坚赞（即《明太祖实录》所记的“故元灌顶国师章阳沙加”），元朝曾封他为灌顶国师。河州卫在了解乌思藏的情形之后，即向明太祖建议对他给以封赏，于是明太祖下诏仍封给他灌顶国师之号，并遣使赐玉印及彩缎、表里。而释迦坚赞就在1373年正月遣使入朝，贡以佛像、佛书、舍利。
　　在争取到藏族地区大部分僧俗首领的归附以后，明太祖考虑到“彼方地广民稠，不立重镇治之，何以宣布恩威”，于是对藏族地区的管理机构进行了一些调整和补充。1374年7月，明朝设西安行都指挥使司于河州，升河州卫指挥使韦正为都指挥使，总辖河州。朵甘、乌思藏三卫。后来又升朵甘、乌思藏二卫为行都指挥使司。当年12月炽盛佛宝国师喃加巴藏卜及朵甘行都指挥同知锁南兀即儿等遣使来朝，又奏举土官赏竺监藏等五十六人。明太祖遂设朵甘宣慰司一、招讨司六、万户府四、千户所十七，以赏竺监藏等分别为指挥同知、宣慰司使、招讨司官、万户、千户等，并派员外郎许允德携诏书及诰、印前往赐之。
　　明朝在确定藏族地区的都指挥使司、卫、所的行政体制后，陆续委任了不少藏族首领担任都指挥使司和卫所的官职。明历朝实录和一些藏文史料中不乏这类关于藏族首领朝贡、受封赏的记载。由此我们可以说至少在明朝的前半期，明朝的都指挥使司、卫所的行政体制是在包括乌思藏在内的广大藏族地区得到实行的。例如，洪武十二年（1379）二月丙寅，“乌思藏指挥同知监藏巴藏卜、宣慰司官朵儿只令真、前都元帅索南藏卜、赏巴前司徒罗古监藏、仰思多万户公哥帕遣镇抚汝奴藏卜、僧哈麻剌来朝，贡兜罗帽、铁骊绵等物。”这里的赏巴前司徒罗古监藏是襄南木林的达那宗巴家族的罗追坚赞，他是著萨迦本钦甲哇桑布的第三子，曾被元朝封为司徒，《汉藏史集》说他在任襄南木林的首领时，兴建了同曼大城堡。这里的仰思多万户公哥帕即是江孜王家族的首领贡噶帕，是江孜白居寺创建者热丹贡桑帕巴的父亲。“仰思多”即“年多”，指年楚河上游地区，为江孜地区的异称。贡噶帕曾任萨迦朗钦，是江孜宗城堡的兴建者。江孜在元代并不是一个万户，这里称他为仰思多万户，显然是明朝封给他的官职。洪武十八年（1385）正月丙寅，“以西番班竹儿为乌思藏都指挥使。”这里的班竹儿应是蔡巴家族的班觉桑布，他是著名的《红史》的作者贡噶多吉的长孙。《西藏王臣记》称他为“指挥班觉桑布”。同月壬午，“以乌思藏俺不罗卫指挥使古鲁监藏为乌思藏卫俺不罗行都指挥使司指挥佥事。”这里的俺不罗即羊卓，在元代为一个万户府，此名是说古鲁监藏的官职从卫指挥使提升为都指挥使司指挥佥事，这两个官职都是正三品。最初，明朝是封蔡巴、羊卓、止贡、嘉玛等故元万户府首领为乌思藏的行都指挥使或都指挥佥事等职，对帕竹政权的家臣中的内邬宗、桑珠孜宗的宗本则称为寨官。后来在了解帕竹政权的情况后，明朝就开始任命帕竹政权的主要宗本为乌思藏行都指挥使司的官员，并且进一步在内邬宗和仁蚌宗这两个最大的宗设立了行都指挥使司。明朝在藏族地区封授的指挥使、都指挥使佥事、千户、百户等官职都准予世袭，但是重要官职的袭职要经过皇帝的批准，并换发敕书和印信。
　　到永乐皇帝时，随着明朝对藏族地区情况的进一步了解，明朝对西藏的掌管一方、具有一定实力的高僧的分封也日益增多，其中地位最高、最为著名的有阐化王、护教王、赞善王、辅教王、阐教王。等五个王。对于这些王的地位和性质、职权，有待进一步的研究分析。明代，在汉族地区只有皇帝的亲属朱姓男子才有可能被封为王，他们分散在全国各地，被称为“藩王”，享受丰厚的物质待遇，但是一般不参与地方和国家的行政事务。其他的功臣即使功劳再大，最多也只能封为侯爵。对少数民族的政治首领，在他们表示臣服明朝的条件下，可以被封为王，例如塞北的蒙古各部的首领，有一些人拥有强大的政治军事力量，曾被明朝封给王号。而明朝在藏族地区所封的王则与他们有所不同，这些王是掌管一方的地方首领，但是他们又往往具有佛教僧人的身份。因此，他们的继承有的是师徒相传，有的是侄子继承，也有的是父子传承。因此他们的地位可以说是在世俗的王和明朝所封佛教首领的法王之间，既有掌管一方地区行政的世俗的王的成分，也与宗教的法王相类似的成分，因此明朝给他们的封号都带有佛教的内容。
　　永乐四年（1406）三月壬辰，明成祖派遣使者赍诏封乌思藏怕木竹巴吉剌思巴监藏巴里藏卜（扎巴坚赞）为灌顶国师阐化王，赐纽玉印、诰命，仍赐白金五百两、绮□、衣三袭、锦绮五十匹、彩绢百匹、茶二百斤。以后帕竹政权的历任第悉，都拥有阐化王的封号。永乐四年（1406），明成祖令智光和尚出使乌思藏，灵藏僧人著思巴儿监藏遣使随智光来朝，被封为灌顶国师。第二年又被封为赞善王，并赐金印、诰命。赞善王的辖地在今天四川德格一带。永乐四年（1406），馆觉地方的政教首领宗巴斡即南哥巴藏卜遣使入贡，被永乐皇帝封为灌顶国师，并赐以诰命。第二年（1407），宗巴斡即南哥巴藏卜派遣使者入朝谢封，又被明成祖封为护教王，并赐金印、诰命，仍享有国师称号。馆觉地方即是今天昌都地区的贡觉县。赞善王和护教王的教派不详，可能与帕竹噶举、噶玛噶举和萨迦派都有密切关系。永乐十一年（1413），明成祖封思达藏地方（在今天的西藏日喀则地区的吉隆县境内）萨迦派首领南渴烈思巴（按《萨迦世系史》，他是款氏家族成员，全名为南喀勒贝洛追坚赞贝桑布）为辅教王，并赐诰印、彩币。此后贡使双方往来不绝，杨三保、侯显都曾被派往颁赐，而辅教王辖下的许多僧人也都前来朝贡，有的还留在北京任职。景泰七年（1456），南渴烈思巴派遣使者来朝贡，上陈自已年老，请求以其子喃葛坚粲巴藏卜代替，得到皇帝允许，赐以诰印、金册、彩币、袈裟、法器等。永乐四年（1406），止贡地方的止贡噶举首领锁南藏卜派使者朝贡，成祖封锁南藏卜为灌顶国师，赐予衣服、钱币等优厚的赏赐。十一年（1413），成祖又加封他为灌顶慈慧净戒大国师，并封其僧人领真巴儿吉监藏为阐教王，赐以印诰、彩币，命其管理止贡地方。
　　明朝除在藏族地区设置卫所，委任藏族僧俗首领外，还利用藏传佛教在藏族地区的深远影响，大力封授各派宗教首领和人士，推行僧纲制度，通过宗教加强明朝对广大藏区的影响。在明朝对这些藏传佛教的宗教首领人士的封授中，以永乐年间封噶玛噶举派黑帽系活佛为大宝法王、封萨迦派首领为大乘法王、封格鲁派高僧释迦也失为西天佛子（宣德年间加封为大慈法王）最为重要，其次是封藏传佛教的高僧为大国师、国师及禅师等。1374年元朝摄帝师喃加巴藏卜向明太祖举荐元故官六十余人时，可能也包括噶玛巴乳必多吉在内，明太祖封他为灌顶国师。1383年噶玛巴乳必多吉去世，其转世为五世噶玛巴得协银巴（1384－1415），本名却贝桑布，西藏娘布地方人，四岁开始跟从噶玛噶举派红帽系二世活佛喀觉旺波学佛，被认定为乳必多吉的转世。十八岁时受到康区馆觉地方首领斡即南哥的尊奉和供养，他在康区一带巡游传法，很有名声。永乐皇帝在他正式即位的1403年“遣司礼监少监侯显赍书、币往乌思藏，征尚师哈立麻。盖上在藩邸时，素闻其道行卓异，至是遣人征之”。噶玛巴得知消息后，于1406年从楚布寺出发。当年7月，噶玛巴在康区噶玛寺见到了侯显等使者，领受诏书，即随侯显等人一道前往南京。他们经青海一路于十一月抵河州。然后经陕西、河南、安徽，乘船入长江，于1407年藏历正月抵达南京，驻锡灵谷寺。噶玛巴除了率领僧众在灵谷寺（今南京市中山陵东面）设十二坛城为明太祖夫妇作超度法事十四天外，还在皇宫中设坛为明成祖传授无量灌顶，讲经译经。噶玛巴活佛在南京所做的超荐法事和为明成祖传授灌顶等，自然不仅是一般意义上的佛教活动，当时明成祖刚刚用武力从他的侄子建文皇帝手中夺得皇位，在南京还面对着残留的建文皇帝的支持者的对抗和谴责，因此他急需利用从西藏招请来的噶玛巴活佛帮助他树立精神上的威望和表现他对其父母明太祖夫妇的思念和孝心。因此，明成祖对年轻的噶玛巴活佛表现了超乎寻常的倚重和尊崇。可能正是出于这样的考虑，明成祖决心对噶玛巴给予超过明太祖对藏传佛教首领加封的惯例的封号。永乐五年三月丁已，明成祖封锝银协巴为“万行具足十方最胜圆觉妙智慈善普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛”，命他领天下释教，赐印、诰及金、银、钞、彩币、织金珠袈裟、金银器皿、鞍马，并封其徒孛隆逋瓦桑儿加领真为灌顶圆修净慧大国师、高日瓦领禅伯为灌顶通悟弘济大国师、果栾罗葛罗监藏巴里藏卜为灌顶弘智净戒大国师，并设盛宴于华盖殿，宴请噶玛巴师徒，以示庆祝。噶玛巴得银协巴在南京、五台山等地停留达一年多，于永乐六年（1408）四月辞归，明成祖赐给他白金、彩币、佛像等物，派中官护送。得银协巴回到拉萨和楚布寺后，向大昭寺的觉卧佛像献了无比珍贵的珍珠袈裟，并给前后藏各教派有五名僧人以上的寺院熬茶布施，拉萨地区的领主内邬巴把拉萨布达拉山上的庙宇供献给他作为驻锡之地。他给阐化王扎巴坚赞等人讲经说法。可是不久以后，得银协巴在藏历木羊年（1415）八月十五日因突然患重病而去世。黑帽系第六世活佛通哇敦丹（1416－1453）继承了大宝法王的封号，从1426年到1450年的二十多年中，他先后八次遣使向明朝进贡，明朝曾召请他进京，但未能成行。宣德元年（1426年）四月甲申，“赐如来大宝法王等使臣指挥使公哥等。金织文绮、袭衣等物有差。”当时通哇敦丹年仅十一岁，可见明朝是承认他自动地继承了得银协巴的大宝法王的封号的。
　　被明成祖封为大乘法王的是萨迦派都却拉章的贡噶扎西（明代汉译为昆泽思巴）。其祖父为元朝的帝师贡噶坚赞贝桑布（1333－1358年任帝师），父亲为大元却吉坚赞。大元却吉坚赞在反对绛曲坚赞彻底失败、萨迦势力被迫迁到达仓宗以后于1356年到大都，被元顺帝封为“中兴释教大元国师”，并成为皇太子爱猷识理达腊专门供奉的上师，他与帝师喇钦索南洛追等在朝廷继续控告大司徒绛曲坚赞，但是没有成功，而于1359年在大都去世。贡噶扎西从幼年时起就开始学佛，在1372年以喇嘛丹巴索南坚赞为师受比丘戒，专心学习各种经论，到前后藏各地朝佛巡礼，讲经说法，成为萨迦款氏家族成员在宗教活动方面的一个代表人物，声名远扬，引起了明成祖的注意，两次遣使前来召他进京。贡噶扎西当时年事已高（已60岁），不听旁人劝阻，决心进京，于永乐十年（1412年）四月由萨迦寺动身，经过十个月的跋涉，于永乐十一年（1413）二月到南京朝见，并多次讲论佛法，深受皇帝敬信，被封为“万行圆融妙法最胜真如慧智弘慈广济护国演教正觉大乘法王西天上善金刚普应大光明佛”，赐给管领僧众、护持释迦牟尼教法之诏书及金印。此后，他又去了北京、五台山等地，然后再到南京，为明成祖传授灌顶及经咒、护持等。明成祖赐给他银质喜金刚像、大威德像、铃、金刚杵等无数法器，此外还有大藏经、供器、僧帽、袈裟等，以及各种珍宝、金器、银器、绸缎、大小帐幕、茶叶、牛、马、骡等无数财宝。他于马年（1414）正月离开朝廷，十二月回到萨迦寺。贡噶扎西此次进京的另一重要收获是争取到明成祖发布命令让帕竹政权把萨迦大殿交还给萨迦派掌管，使萨迦众人努力了几十年的大事终于有了结果。1413年5月，明成祖派候显等人从京城出发进藏，以向乌思藏许多首领传达旨意，其中带去了命令帕竹第悉交出萨迦大殿给予原主萨迦派的诏书，12月侯显等人到达西藏，在颇章孜宣读诏书，萨迦派举行了十分隆重的庆典。此事反映出明朝中央对西藏政教势力之间的争执有决定处理的权力。
　　被明朝封为大慈法王的，是明朝初期才创建的藏传佛教的新兴教派格鲁派的代表人物释迦也失，而释迦也失是代表其师宗喀巴（tsong－kha－pa，格鲁派的创始人）入朝觐见的。还在格鲁派正式创立之前，宗喀巴的传法授徒活动就通过帕竹第悉、内邬宗本等人的介绍和明朝入藏使者的报告引起了明成祖的注意。1403年明成祖派侯显等人入藏召请噶玛巴得银协巴进京。1406年明成祖又遣使赍诏封帕竹第悉扎巴坚赞为阐化王。约在此时，明成祖给宗喀巴也送去了邀请的诏书，所以在藏历第七饶迥土鼠年（1408）六月，宗喀巴给明成祖写了一封回信，请明朝的使者带回。在这封回信里，宗喀巴对收到皇帝赐予的大量礼品表示衷心感谢，对皇帝的邀请则予以婉拒，“余非不知此是大地之大主宰为佛法着想之谕旨，亦非不遵不敬陛下之诏书，但我每与众人相会，便发生重病，故不能遵照圣旨而行，惟祈陛下如虚空广大之胸怀，不致不悦，实为幸甚！”明成祖仍然努力召请宗喀巴大师进京一见，永乐十一年二月（1413），当大乘法王已到京会见后，明成祖命使者侯显等再次赍诏召请宗喀巴大师，宗喀巴大师对众使者详细说明他不能进京的缘由，并给皇帝写了说明情况的回信，准备了回赠的礼品，请使者们带回。在这种情况下，很可能是明朝的使者们想到了请宗喀巴派一名弟子代替他入朝的办法，因此宗喀巴派弟子释迦也失代表他进京。


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　　释迦也失出身于蔡巴地方首领的家族，于藏历第六饶迥的木马年（1354）生于拉萨东北的蔡贡塘。他从幼年时开始学佛，曾拜过许多老师学习佛法，后来以宗喀巴作为自己的根本上师，并随侍左右，担任了宗喀巴大师的司茶侍从。当侯显等使者请宗喀巴派一名殊胜弟子前往并得到宗喀巴同意后，释迦也失遂同侯显等同行前往内地。侯显等人随即将这一情况向永乐帝奏告。释迦也失师徒和侯显等使者们经山南、康区、里塘，抵达成都附近，受到成都府大小官员和军士的热烈欢迎。当他到达成都府城内时，永乐帝派来传送诏书的使者已在此恭候。诏书中说：“今闻上师你已离西土，不顾途中风雨烈日寒暑，渐次已行数万里之遥，前来此处，故朕心甚悦，难以言说。现今复遣人于途中赠礼迎接，以示缘起，以表朕心。”1413年11月，释迦也失等到达北京城附近时，受到九门提督等官员的欢迎。在他们的接送下，释迦也失抵达有三层外城墙的京城北面外城墙，并下塌于莲花池旁的海音寺（或法音寺？），这时永乐帝又派人送来圣旨，？对释迦也失“不计数万里之路，跋山涉水，触风冒雨，历尽艰辛前来，”表示十分高兴，考虑到上师“远途而来，身体疲乏”，谕示上师面圣时可免行礼。接着释迦也失在皇宫中心的大善殿朝见了皇帝。皇帝非常欢喜，为他举行了盛大的接风宴会，并多次给予赏赐。次年明成祖调集全国五十多万军队，亲自率领，出长城攻打蒙古瓦拉部。在取得战争的胜利返回北京后，1415年4月，“命尚师释迦也失为妙觉圆通慧慈普应显教灌顶弘善西天佛子大国师，赐之诰命。”据藏文史料称，释迦也失在京期间，还用医药和传授灌顶的办法为明成祖治好了重病。此外，还在五台山建了六座寺院，这些寺院按照藏传佛教格鲁派的修行次第修习佛法。1416年释迦也失带着在汉地首次刻版印刷的大藏经《甘珠尔》朱砂木刻本的荐新样本和明成祖亲自撰写赞语的释迦也失的画像回到了西藏。这是两件重要的文物，前者是中国最早的藏文木刻版大藏经，对后来藏区的刻版印刷术和藏族文化的发展具有深刻的影响。这部珍贵的藏文木刻版大藏经至今仍保存在色拉寺中。1416年释迦也失回到拉萨后向宗喀巴大师供献了从汉地带回的大量财物。1419年，宗喀巴大师在临去世前到了色拉却顶，并指示释迦也失在此兴建一座大寺院，在释迦也失主持下，色拉寺在当年动工，费用由内邬宗本南喀桑布提供大部分，释迦也失从汉地带回的财物也起了重要作用。1425年5月释迦也失再次到北京，在北京居住十余年，并在这期间宣德皇帝封他为“万行妙明真如上胜清净般若弘照普慧辅国显教至善大慈法王西天正觉如来自在大圆通佛”。最后释迦也失于1435年在返藏途中去世，享年82岁。他在北京时曾带领藏族僧人为兴建法海寺捐资助缘，留存至今的北京法海寺的石碑上他名列首位。
　　明成祖不但封藏传佛教领袖为大宝法王、大乘法王等，而且对他们的弟子也封给大国师、国师的名号。从明成祖到景泰帝、成化帝，明朝封了许多藏族僧人为大国师、国师等，并赐给封诰和印章，明朝所封授的大国师、国师等职，不仅仅是一个名号，而且还有品级。一般大国师为秩四品，国师为五品，禅师为六品，他们在京城，还给以俸禄，所以当时留居北京的藏传佛教僧人很多，其开支全由光禄寺供应。宣德十年（1435）明宣宗去世，明英宗即位，年方九岁。当时明朝为节约开支，曾下令减少在京居留的藏族僧人。据统计当时在北京各寺院中仅官府认为应当减去的藏族僧人即达1100多人。明英宗掌政后仍然大量封授藏族僧人，在宪宗成化、孝宗弘治、武宗正德年间更达到高峰，宪宗成化末年有时一次升职授职的藏族僧人达数十人之多，明武宗还专门在西华门内修建了一座“豹房”，同藏族僧人一起诵经、研习经典，以致于有记载说明武宗通晓梵（藏）语，他还自封为大庆法王，自已给自己颁发了一枚“定为天字一号”的“大庆法王西天觉道圆明自在大定慧佛”的金印。正德十年（1515）明武宗派太监刘允到西藏赍送番供等物，迎请“活佛”。刘允这次出使，动员大批人力财力，严重扰乱地方，耗费巨大，结果却完全失败。到明世宗嘉靖时，由于明世宗崇信道教，排斥藏传佛教，藏族僧人在北京的活动才进入低潮。
　　帕竹政权在明代保持着对西藏主要地区的控制权，但是萨迦派还控制着后藏的一些地区（吉隆、拉孜等）。大司徒绛曲坚赞曾对帕竹政权规定了许多制度，如帕竹第悉必须是朗氏家族的出家僧人，并且要担任过泽当寺的法台，各个宗的宗本由有功的家臣担任，而且实行轮换，以保证政权的统一。第三任第悉京俄扎巴绛曲生于1356年，1371年担任丹萨替寺法座，本来是不应当担任第悉的，但是1373年第二任第悉释迦坚赞去世后，帕竹议事会全体成员恳请他兼任帕竹第悉。他同意在其异母弟索南扎巴成年前兼任这两个职务，因此被称为“喇本”（即同时担任帕竹第悉和丹萨替寺京俄的人）。1381年，他扶植索南扎巴任帕竹第悉，自己仍任丹萨替寺京俄。第四任第悉索南扎巴时，由于帕竹内部出现一些纷争，他辞去第悉职务，到丹萨替寺就任京俄。到1405年，他又辞去京俄职务，遁世修行，第五任第悉阐化王扎巴坚赞时，对一些制度作了改变，特别是宗本实行家族世袭，使仁蚌巴、琼结巴、内邬巴、扎喀哇等家族成为具有固定领地的封建领主。与此同时，扎巴坚赞还厘定条例，规定帕竹各级官员按品级的高低，穿戴不同的服饰，制定官员集会的礼仪，强化封建统治集团内部的等级制度，以此来维护封建统治秩序。1432年扎巴坚赞去世后，帕竹朗氏家族开始发生分化和内争，第六任第悉扎巴迥乃的父亲桑结坚赞企图取代儿子的第悉职位，在1434年引起一场大动乱，一些贵族世家乘机掌握了实权。扎巴迥乃在担任第悉后还俗娶妻，破坏了绛曲坚赞关于帕竹第悉只能由僧人担任的规定。从此以后，帕竹政权的历任第悉由娶妻生子的在家俗人担任，帕竹第悉成为父子世袭的职位。贵族中权势最突出的仁蚌巴家族。以后藏仁蚌为基地，通过与帕竹家族的联姻，操纵帕竹政权，并引起多次的内战。后来帕竹朗氏家族分为乃东的一支和贡噶的一支。所以明代中后期西藏地方势力的混战和争斗持续不断。直到第悉藏巴在日喀则兴起，建立一个时间很短的第悉藏巴政权。
　　明代西藏历史中的另一件大事是格鲁派的的产生和发展。格鲁派的创始人宗喀巴（1357－1419）是青海湟中县人，七岁出家，16岁时到拉萨学佛。他拜数十位各派高僧为师，学通佛法，后来自己招收弟子，宣传自己的佛教主张。他得到帕竹政权的阐化王扎巴坚赞和内邬宗宗本南喀桑布的支持，在1409年正月在拉萨发起正月祈愿大法会，并在同年兴建甘丹寺。由此建立起格鲁派。格鲁派宣布在教理上继承了阿底峡和仲敦巴所传的噶当派的教法，因此许多噶当派的寺院转为格鲁派，所以发展很快。宗喀巴在世时其弟子扎西贝丹建哲蚌寺（1416年），释迦也失建色拉寺（1419年），与甘丹寺合称为拉萨三大寺，这是格鲁派早期的基础。1419年宗喀巴去世时，格鲁派还没有采用活佛转世的办法来解决领袖人物的继承问题，是由他弟子贾曹杰、克珠杰等相继继承他的法座，称为甘丹赤巴。此后不久，新兴的格鲁派就受到仁蚌巴家族的限制和打击，处于低潮。这期间有宗喀巴晚年时的一个弟子根敦珠巴（1391－1374）在日喀则新建扎什伦布寺，成为格鲁派在后藏地区的中心。根敦珠巴去世时扎什伦布寺的法台仍是由其弟子继承。但是同时有一些人认为在达那地方出生的根敦嘉措（1475－1542）是根敦珠巴的转世，并把根敦嘉措迎请到扎什伦布寺居住。由于当时格鲁派中还没有实行活佛转世的制度，所以根敦嘉措的地位一直难以确定。后来根敦嘉措受到扎什伦布寺法台意希孜莫的排斥，离开扎什伦布寺到哲蚌寺学佛。根敦嘉措在前藏各地活动，逐渐有了名望，他又在山南兴建了曲科杰寺。1512年意希孜莫请他返回扎什伦布寺，让他担任扎什伦布寺的法台，这可以说是格鲁派中活佛转世对师徒相传取得了优势。这时仁蚌巴下令禁止格鲁派僧人参加拉萨正月的祈愿大法会，哲蚌寺僧众请求根敦嘉措返回，1517年根敦嘉措出任哲蚌寺法台，1518年由他主持拉萨正月祈愿大法会，争回了格鲁派僧人参加祈愿大法会的权力。1525年他又兼任色拉寺法台。从此根敦嘉措的历辈转世都要担任哲蚌寺和色拉寺的法台，这就使他的转世系统的影响和实际地位超过了甘丹赤巴，成为格鲁派的实际的领袖。内邬宗宗本还把哲蚌寺的别墅送给他，改名为甘丹颇章。
　　使得格鲁派能够取得更大发展的关键人物是根敦嘉措的转世索南嘉措（1543－1588）。他看到蒙古军事力量再次进入青藏高原给格鲁派带来的新的发展机会，在1577年应率部到青海的蒙古土默特部首领俺答汗的邀请从拉萨到青海，1578年他们在青海湖南面会见。俺答汗赠给索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇dl喇嘛”的尊号，这是“dl喇嘛”这个名词最初出现，格鲁派立即以俺答汗所赠的这个名号作为从根敦珠巴开始的这个活佛转世系统的称号，索南嘉措自然就成为第三世dl喇嘛。由于索南嘉措和俺答汗的关系，以及他按照明朝的要求劝说俺答汗返回蒙古，他又受到明朝的重视。在索南嘉措1586年到呼和浩特主持俺答汗的葬礼时，明朝派人封他为“朵儿只唱”，并邀请他到北京，但是他1588年在到北京的途中去世。紧接着格鲁派和土默特部认定俺答汗的一个重孙云丹嘉措（1589－1616）为索南嘉措的转世，成为蒙古人出身的四世dl喇嘛。云丹嘉措带着一些蒙古军队和贵族到西藏坐床，对当时遭到新兴的第悉藏巴猛烈打击的格鲁派是极大的支持，使格鲁派在十分困难的环境中能够生存下来。云丹嘉措到西藏后由扎什伦布寺的法台洛桑曲吉坚赞（1570－1662）当他的经师和授比丘戒的堪布，这提高了洛桑曲吉坚赞在格鲁派和扎什伦布寺中的地位，以后扎什伦布寺的法台就由他和他的历辈转世担任，形成了格鲁派中另一个重要的活佛转世系统即班禅转世系统。
　　1616年四世dl喇嘛去世，第悉藏巴利用战胜支持格鲁派的拉萨地区的首领吉雪巴的余威，下令禁止dl喇嘛转世，没收哲蚌寺和色拉寺的土地和属民。格鲁派从青海请来蒙古土默特部的军队，打败第悉藏巴的军队，加上第悉藏巴彭措南杰去世，新任第悉藏巴噶玛丹迥旺波只有十六岁，左右亲信意见不一，在洛桑曲吉坚赞的请求下，噶玛丹迥旺波同意准许寻找云丹嘉措的转世。这样五世dl喇嘛才得以认定并迎请到哲蚌寺坐床。到1630年，蒙古察哈尔部林丹汗受后金压迫，向西击败土默特部，并向青海移动，格鲁派再次处于危险之中。在这种情况下，格鲁派第巴索南热丹派人向信奉格鲁派不久的在新疆的卫拉特蒙古求救。1636年和硕特部首领固始汗率兵进入青海，并在1637年到1639年攻占青海和康区。1642年固始汗和格鲁派联合攻打第悉藏巴，打下了日喀则，消灭了第悉藏巴政权，建立起和硕特部和格鲁派联合统治的甘丹颇章政权。
　　1795年乾隆皇帝退位，以太上皇的身份接受出家戒和比丘戒，命画工画了他身着袈裟的藏式唐卡，派专人送到拉萨。1798年八世dl喇嘛在布达拉宫的三界殊胜寝殿（萨松南杰殿）内专门建造佛龛供奉乾隆皇帝的僧装画像，像前还供有“当今皇帝万岁万万岁”的牌位，后来认定十世、十一世、十二世dl喇嘛的金瓶掣签仪式即是在这里举行的。

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第六章　清代前期的西藏历史（1644－1840）

　　固始汗控制西藏以后，和格鲁派联合建立了甘丹颇章政权，在这个政权中，固始汗自己作为甘、青、康及卫藏地区的汗王，成为全藏族地区的统治者。他派遣了八个儿子率部驻扎青海，建立了以他为领袖的和硕特部根据地。命令以所征康区赋税供给青海部众，将卫藏赋税则供养dl、班禅，使格鲁派寺院在经济上得到实惠。他本人及两个儿子则长期拥兵坐镇拉萨，在拉萨以北的达木地区（今当雄）驻扎重兵，起镇慑保护作用。从而在全藏区形成了蒙古汗王统治的局面。在甘丹颇章政权内，西藏地方的高级行政官吏和世俗贵族由固始汗任命封赐，其中官职最重要的就是第巴。至于卫藏地区的行政命令，必须经由固始汗盖印、发布执行，第巴只是副署盖印而已。
　　固始汗看到明朝气数已尽，在东北兴起的后金有统一天下的可能，所以他也积极寻求政治靠山，在占领青海之初，就遣使到盛京（今沈阳）朝见皇太极，开始了和后金的交往。还在入据西藏以前，他就与五世dl喇嘛和班禅四世等和商议，并由四世班禅出面，争取到第悉藏巴等政教首领参加，联合派出了以伊拉古克三为首的代表团前往盛京。1642年，代表团一行始到盛京，皇太极出城亲迎，“率众拜天，行三跪九叩之礼”，表明了后金对争取蒙藏各部的重视。皇太极对代表团给予了优厚赏赐。次年，皇太极遣使随同伊拉古克三一行赴藏，分别致函赏赐固始汗、dl、班禅及第悉藏巴等其它政教首领。
　　1644年（顺治元年），清朝定都北京后，与西藏地方的联系更加频频。翌年，固始汗派其子多尔济dl巴图尔台吉到北京，上书顺治帝，表示对清政府的谕旨“无不奉命”。他还与五世dl喇嘛共同遣使清朝“表贡方物”，受到清朝的赏赐。自此之后，蒙古和硕特部汗王与西藏地方宗教首领几乎年年必遣使莅京，通贡不绝，清朝也厚给回赐。为了进一步加强同中央政权的政治联系，固始汗还上书清朝，说：“dl喇嘛功德甚大，请延至京师，令其讽诵经文，以资福佑。”同时他又积极鼓动劝说五世dl喇嘛接受清朝的邀请。1652年（顺治九年）dl喇嘛带领大批随从从起程，当年年底到达北京，顺治帝在北京南苑以田猎的形式，不拘礼节地迎迓会见了他，“赐坐，赐宴，待以殊礼。”另外还赏给金、银、大缎、珠宝、玉器等大量礼品。五世dl喇嘛进呈了珊瑚、琥珀、青金石念珠、氆氇、马匹、羔皮等千件贡礼。dl喇嘛留京两个月期间，应邀两次进皇宫参加了顺治帝专门为之举行的盛大国宴，还参加了一些满族亲王、蒙古汗王举行的宴会，先后进行了一系列的佛事活动。其中为专程自大漠南北、山西五台山赶到北京的蒙古科尔沁秉图王及汉族僧侣，为御前侍卫拉玛，为成百数千人讲经传授各种法戒，撰写启请、发愿、赞颂及祭祀祈文等等。接受的礼金、各类礼品、法器以及社会各阶层馈赠的不可胜数。清朝在北京专门修建了黄寺，供他住宿。1653年初，在dl喇嘛返藏途中，顺治帝派官员赶到代噶（今内蒙凉城），赐给五世dl喇嘛金册金印，封他为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇dl喇嘛。”自此，清中央政府正式确认了dl喇嘛在蒙藏地区的宗教领袖地位，历辈dl喇嘛经过中央政府的册封遂成为制度。清政府在册封五世dl喇嘛的同时，又派臣和五世dl喇嘛一起去西藏，给固始汗赉送以汉、满、藏三体文字写成的金册金印，封固始汗为“遵行文义敏慧顾实汗”，承认他的统治藏族地区的汗王的地位。清朝的支持对新建立的甘丹颇章政权的巩固起了重要的作用。
　　1654年固始汗去世，诸子争位，相持不下，汗位空悬四年之久。最后妥协解决，由达什巴图尔主持青海和硕特部，达延汗主持西藏政务。然而他们缺乏其长辈的威望和才能，而五世dl喇嘛凭倚朝廷的支持，权力及威望日益增强。1658年固始汗任命的第巴索南饶丹去世，经过两年的协商，最终由五世dl喇嘛任命他的亲信仲麦巴赤列嘉措出任第巴，任命第巴的权力从蒙古汗王转移到dl喇嘛的手中。1662年四世班禅大师洛桑曲吉坚赞去世，西藏的政教权力进一步向dl喇嘛集中，但是在军事上格鲁派仍然要依靠和硕特部的保护。1668年达延汗去世，汗位又空悬了3年，1671年才由dl汗继位。五世dl喇嘛在后期扶植仲麦巴赤列嘉措的侄子桑结嘉措掌权。1676年五世dl喇嘛提名当时年仅24岁的桑结嘉措出任第巴，因时机尚未成熟，桑结嘉措谢绝这一任命，由dl喇嘛的却本洛桑金巴担任，说好3年后让位。1679年dl喇嘛再次提名，桑结嘉措就正式就任第巴职务。1682年五世dl喇嘛去世，桑结嘉措为保持自己的地位，稳定局势，以扩建布达拉宫的工程尚未完工和与拉达克的战争正在进行为由，和少数亲信决定秘不发丧，“伪言dl入定，居高阁不见人，凡事传dl命行之”，继续以五世dl喇嘛的名义掌政。桑结嘉措看到，必须依靠清朝中央政府的支持和敕封，自己才能名正言顺地统治西藏，因此他极力设法向清朝请求敕封，1694年（康熙三十三年），他借五世dl喇嘛的名义，上奏朝廷说：“臣已年迈，国事大半第巴主之，乞请皇上给印封之，以为光宠。”康熙帝经过反复考虑，最后封给桑结嘉措“法王”称号，同时赐给“掌瓦赤喇怛喇dl喇嘛教弘宣佛法王布忒达阿白迪之印”。为了防止自己的权力被和硕特汗剥夺，桑结嘉措还与新疆的准噶尔部首领噶尔丹接纳关系，利用准噶尔部和和硕特部的矛盾，牵制和硕特汗。在噶尔丹和清朝的斗争中，桑结嘉措用五世dl喇嘛的名义为噶尔丹说话，遭到康熙皇帝的申斥。桑结嘉措还一手包办五世dl喇嘛的转世灵童的寻访认定，于1685年秘密地选定在门域出生的仓央嘉措为五世dl喇嘛的转世。直到1694年清朝打败噶尔丹，从准噶尔降人口中听到五世dl喇嘛早已圆寂的消息，严辞责问，桑结嘉措才向清朝报告五世dl喇嘛圆寂多年，其转世已经认定，在经过清朝同意后，1697年将仓央嘉措接到后藏浪卡子宗，由五世班禅为其剃度授戒，随后迎接到布达拉宫坐床。
　　在五世dl喇嘛去世后，西藏的蒙藏统治集团的矛盾一直在逐渐加深，桑结嘉措依靠政治权谋和手腕来保持和巩固自己的地位，无助于问题的解决，在清朝和准噶尔部的斗争中，桑结嘉措逆历史潮流而动，错误地支持准噶尔部的噶尔丹，与清朝也有矛盾。1701年dl汗去世，拉藏汗继位。自拉藏汗上台后，桑结嘉措与他的关系很快就紧张起来。1703年，双方的部下在拉萨争斗，经三大寺高僧调解，矛盾暂时得到缓和。桑结嘉措辞去第巴之职，由他的儿子卓萨继任，拉藏汗到当雄居住。但这种妥协很难维持长久，1705年第巴·桑结嘉措集结各地兵力到拉萨，与拉藏汗再次爆发了武装冲突，拉藏汗从当雄兵分三路反攻，在澎波决战，桑结嘉措兵败后被擒杀。拉藏汗进入拉萨后，随即派人到朝廷，报告事变的经过，并奏称仓央嘉措是假dl喇嘛，平日耽于酒色，不守清规，请予以废黜。康熙皇帝认可了拉藏汗的行动，派护军统领席柱、学士舒兰为使，到西藏封拉藏汗为“翊法恭顺汗”。同时下令“拘假dl喇嘛”及桑结嘉措妻子解京。仓央嘉措在解往北京的途中，“行至西宁口外病故”，年仅二十四岁。拉藏汗另找了一个格鲁派僧人意希嘉措，立为dl喇嘛，清朝在派人带领青海蒙古诸台吉的代表进藏询问五世班禅后，于1707年批准意希嘉措为六世dl喇嘛，1709年派人进藏册封，并赐给金印，由五世班禅主持，在布达拉宫举行坐床。
　　但是，拉藏汗废立dl喇嘛的举措却引发了新的矛盾。三大寺的一些僧人和在青海的和硕特部的部分不满拉藏汗的贵族首领不愿承认意希嘉措，把仓央嘉措的一首著名诗歌“天空洁白的仙鹤，请它双翅借给我，不会远走高飞，到理塘转转就回”作为预言，秘密地派人地康区理塘寻访，终于找到了1708年出生于的格桑嘉措，作为仓央嘉措的转世，转移至康区北部的德格地方加以保护，清朝对此难以处理，下令将格桑嘉措送到塔尔寺居住。拉藏汗和青海蒙古首领的不和，引起康熙皇帝的担忧，于1709年又派遣了侍郎赫寿到西藏“协同拉藏办理西藏事务”。西藏的这种混乱的政治局势果然被准噶尔部的策妄阿拉布坦所利用，他先是将女儿嫁给拉藏汗的儿子，以联姻迷惑拉藏汗，然后在1717年以护送女儿、女婿的名义选派精兵长途奔袭，突击西藏。同时还派遣一小股军队去塔尔寺，企图劫持格桑嘉措，以号召人心。当准噶尔军到达藏北草原时，拉藏汗才发现形势不对，匆忙召集人马抵御。尽管准噶尔派去塔尔寺的军队被清军击溃，但是到藏北的准噶尔军仍宣传他们已经接到了真正的dl喇嘛，将送到拉萨来，以此涣散拉藏汗的军心。拉藏汗在战争胜败难定的情况下，就仓促撤回拉萨城，想坚守拉萨，等待清朝派兵救援。但是准噶尔军得到那些不满拉藏汗的僧俗人众的配合，拉萨城很快被攻破，拉藏汗逃进布达拉宫，不久在突围时被杀死。准噶尔军废黜意希嘉措，自己委派官员，向僧俗勒索财物，对不服从的寺院和地方则派兵烧杀抢劫使曲科杰寺、敏珠林寺等著名寺院遭到严重破坏。一些原来对准噶尔军抱有期望的人也大失所望。清朝在1718年派西安将军额仑特率兵数千进藏，因情况不明，准备不足，在藏北草原被准噶尔军围困，粮食断绝，全军覆没。消息传来，清朝朝野震动，康熙皇帝看到如果任由西藏被准噶尔军占据，西南、西北各省都不得安宁，力排众议，在1720年再次出兵，以皇十四子允题为大将军，指挥清军和青海蒙古首领的军队一起进藏，驱除准噶尔军，同时承认格桑嘉措为封格桑嘉措为“弘传觉众第六世dl喇嘛”，并护送送格桑嘉措到拉萨坐床。这时拉藏汗的旧部康济鼐和颇罗鼐等人也在后藏起兵，占据阿里和后藏的一些地方，截断在西藏的准噶尔军和新疆的联系，前藏的贵族阿尔布巴、扎尔鼐等人积极和清军联系，配合清军进兵。准噶尔军在清军大兵压境的情况下，稍作抵抗后就仓皇逃跑，出兵时的七千精兵，逃回准噶尔的不到一千人。
　　清朝在驱除准噶尔军以后，没有让青海蒙古首领统治西藏，而是建立了清朝对西藏的直接统治，从西藏贵族中任命几名噶伦掌政，以康济鼐为总理西藏政务的噶伦。但是掌政的噶伦之间很快就发生矛盾，1727年，噶伦阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐等人为争权夺利，煽起内讧，戕杀康济鼐，并派人去后藏捉拿颇罗鼐。颇罗鼐闻讯，立即意识到这是背离中央政府旨意的一次阴谋。于是在火速奏报朝廷的同时，毅然再次于后藏起兵，联合康济鼐之兄阿里总管噶西鼐等，率后藏及阿里精兵数千人，向阿尔布巴等人宣战。双方在江孜交战半年多，颇罗鼐攻入拉萨，在三大寺僧众的帮助下，擒获了阿尔布巴等人，奏请清廷处置。此时清朝派遣的大军抵达拉萨，经共同审核事实，将阿尔布巴等人处斩。清廷肯定了颇罗鼐的功绩，封他为贝子，任命他为首席噶伦，后来又晋封为郡王，由他领导西藏地方的行政。颇罗鼐之下清朝还任命噶西巴·纳木扎勒色布腾和策仁旺杰两位噶伦，但地方大权由颇罗鼐一人总揽。为防止准噶尔军再次侵扰和集中西藏的事权，1728年雍正皇帝下令把七世dl喇嘛移到四川泰宁的惠远庙居住，还命七世dl喇嘛之父索南达结进京，封他为“辅国公”，以防止防止他干预藏政，这是dl喇嘛的亲属受中央封以爵位的开始。直到1735年准噶尔部的威胁解除，雍正皇帝派副都统福寿和章嘉国师若必多吉护送dl喇嘛返回拉萨。清朝还于1727年设立驻藏大臣，在拉萨设立了驻藏办事大臣衙门，直接监督地方政权，留驻藏清军二千人，归驻藏大臣指挥。通常驻藏大臣为两人，一为办事大臣，一为帮办大臣，一方面可以商议办事，另一方面分别替换，始终保持有一个比较熟悉情况的大臣住在西藏。另外清朝还划定了西藏和青海、四川、云南的地界，确定西藏的行政范围。

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　　颇罗鼐为医治战争创伤，安定社会秩序，解决生产凋敝、民不聊生、经济拮据的困窘，增强地方自身的防御作战能力等，做了许多有益的事情。颇罗鼐在清朝驻藏军队的指导下，在拉萨北郊兴建了扎什兵营，分期操练了由骑兵一万人、步兵一万五千人组成的藏军。自此，西藏有了一支兵械较齐备，且训练有素的军队，于西藏通往准部各条道路上“严设卡伦，准噶尔自是不敢窥藏”。维护了西藏边境之安宁。他还整顿驿站，保证政令文书的传递。他按照乾隆皇帝的安排接待准噶尔部经清朝批准派来的熬茶礼佛的使团，受到清朝的嘉奖。1747年颇罗鼐去世，其子珠尔墨特那木扎勒袭封郡王，总管全藏事务。然而他上台后，专横跋扈，结党营私，杀害其驻守阿里的兄长，又与dl喇嘛不和，敌视驻藏大臣，阻断驿传军书，还设法和准噶尔部联络，争取准噶尔部作外援。由于驻藏清军大部分已在1733年撤回内地，拉萨形势非常危急。1751年驻藏大臣傅清、拉布敦抢先将珠尔墨特那木扎勒诱杀，他们自己被珠尔墨特那木扎勒的党羽杀害，驻藏大臣衙署被焚毁，钱财被洗劫一空。史称珠尔墨特那木扎勒之乱。事件发生后，七世dl喇嘛即命公班智达代理政务，将杀害驻藏大臣的凶手捕获，安定拉萨局势，等待清朝派员进藏处理。清朝所派的四川总督策楞带兵入藏后，经过调查研究，提出了“酌定西藏善后章程”十三条，乾隆帝深刻地反省了过去珠尔默特那木扎勒之所以敢怀逆志谋反，就是因为西藏“地广、兵强、事权专一”，“噶伦事务于事权极有关系。”所以清政府为一劳永逸之计，决定以此次平乱后措置转关为契机，改革西藏地方政制，废除郡王独理专擅西藏政务的制度，规定由dl喇嘛领导噶厦掌管西藏的西藏，分权于一僧三俗的四位噶伦手中，这时僧人出任噶伦的开始。噶伦之间地位平等，遇事秉承驻藏大臣和dl喇嘛的指示，共同处理地方各项事务，不得独断专行。同时由驻藏大臣监督管理。还把原属珠尔墨特那木扎勒管辖的藏北三十九族和达木（当雄）蒙古划归驻藏大臣直接管理。
　　七世dl喇嘛掌政不久，在1757年圆寂，清朝派章嘉呼图克图进藏，主持寻访dl喇嘛转世的事务，同时任命第穆活佛为摄政（丹吉林），代理dl喇嘛管理西藏事务。这是摄政制度的开始。经六世班禅参与，认定了八世dl喇嘛强白嘉措（1758－1804）。1777年第穆活佛去世，清朝派当时在北京雍和宫任堪布的策墨林活佛（策墨林）进藏担任摄政。这种dl喇嘛、驻藏大臣、摄政共同掌管政务的体制在这一时期建立起来。1779年清朝迎请六世班禅进京，1780年8月六世班禅抵达热河，参加为乾隆皇帝祝贺七十大寿的活动，然后到北京。10月底六世班禅因病在北京黄寺圆寂。1784年八世dl喇嘛亲政，1786年因章嘉国师若必多吉去世，清朝召策墨林活佛回京，命济咙呼图克图协助dl喇嘛办理政务。
　　1788年发生了廓尔喀侵扰后藏的事件。历史上的尼泊尔，是指分布在加德满都谷地巴勒布人生活居住的阳布（即今加德满都）、库库穆、叶楞三部，藏语称之为巴勒布。1768年，本属尼泊尔部落之一的廓尔喀人，乘巴勒布本国内讧之机，吞并了巴勒布三部，并迁都阳布。后藏与廓尔喀地域紧密相连，彼此间以物易物或钱货买卖，经济关系非常密切，不过双方贸易中也不时发生一些小的摩擦和结怨。1788年廓尔喀以钱币兑换问题和西藏地方“商税增额、食盐揉土”为借口，出动三千人马抢占了后藏边境的济咙、聂拉木、宗喀三处。乾隆皇帝命成都将军鄂辉、四川提督成德带兵火速驰援西藏剿办，又命理藩院侍郎巴忠以御前侍卫钦差大臣的官衔赴藏办事，与鄂辉、成德会商一切善后事宜。在巴忠抵藏之前，后藏仲巴呼图克图等先与廓尔喀私下进行和议，答应向廓尔喀赔款赎地。巴忠到拉萨后，一方面与鄂辉、成德会商，让红帽活佛檄谕廓尔喀投顺，退回所占聂拉木等三处地方，并立具甘结，永不犯藏界；另一方面，他又自遣使者与廓尔喀讲和。廓尔喀在得到一纸西藏每年向其赔款300个元宝的字据后，撤出了占领的后藏地方。巴忠等人隐瞒实情，向朝廷谎报“已将聂拉木、宗喀、济咙等地方次第收复”，“奏凯班师”。为廓尔喀第二次入侵西藏留下了祸根。1790年廓尔喀派人入藏讨取“赎地”银，dl喇嘛和噶厦拒绝支付，遣使与之谈判，要求“撤回合同”，遭到廓尔喀拒绝。事情报告到朝廷，乾隆皇帝才知道巴忠报告的功劳都是假的。鉴于西藏形势危急，清朝派策墨林活佛再次进藏担任摄政，他到拉萨后只有几个月，就在1791年3月去世。清朝命八世济咙活佛（功德林）担任摄政。1791年7月廓尔喀廓尔喀以西藏方面爽约为由，悍然发动了第二次侵略西藏战争。在短短的十几天内迅速占领了聂拉木、定日、萨迦、济咙等宗。红帽活佛为报复其兄仲巴呼图克图不分六世班禅的遗产给他的私怨（红帽活佛是六世班禅和仲巴呼图克图的同母异父兄弟），竭力唆使廓尔喀兵抢劫扎寺。驻藏大臣保泰得悉事态，慌忙将七世班禅移往拉萨，幸免被俘。仲巴呼图克图携大量金银珠宝细软逃跑。其余济仲喇嘛、扎寺堪布并众僧等，在占卜师宣称“不可与贼作战”的诓骗下四下逃散，廓尔喀军洗劫了扎什伦布寺。只有驻守日喀则的都司徐南鹏率领的八十名清军，坚守日喀则宗堡，与敌交战，保住了城堡。消息传来，清廷大为震动，巴忠自知罪责难逃，投湖自杀。乾隆皇帝决定派遣福康安为大将军，超勇公海蓝察为参赞大臣，率领满、汉、蒙、回、达斡尔、鄂温克、鄂伦春等数个民族组成的一万七千余大军，分三路进藏讨伐。在西藏人民的支援下，1792年5月，清军收复全部失地，将廓尔喀军驱除，7月，清军势如破竹，长驱直入廓尔喀境内，打到距阳布二十里地方，廓尔喀派大头人前来投降，放回了被抓去的噶伦丹津班珠尔等人，交出了从前“贿和”的合同和服毒自杀（有说因病身亡）的沙玛尔巴骨殖及其妻子儿女仆人等，退还了所有抢去的扎什伦布寺的财物并班禅的金册等。乾隆皇帝考虑到当地节气较早，天气骤冷，若大雪封山，全体将士后果不堪设想。故指示福康安，接受廓尔喀的乞降禀贴及恭词请罪，令其签写“永不犯藏”之甘结，并定期纳贡。廓尔喀王接受了全部条件，还派人赴京呈进贡品多种。九月，福康安率大军自前线凯旋班师。
　　根据乾隆帝的指示，1792－1793年，大将军福康安与孙士毅、惠龄、驻藏大臣和琳等经过长期地酝酿，拟订了有关治理西藏各方面的章程，并报经中央政府核准颁布实施。其中，关于西藏地方政府遵行的部分，即著名的《钦定藏内善后章程》二十九条（藏文本）。
　　章程的要点是：1、行政人事权方面，规定驻藏大臣督办藏内事务，地位与dl喇嘛、班禅平等。所有噶伦以下的首领及办事人员、管事僧人皆是隶属关系，事无大小，都得禀明服从驻藏大臣办理。噶伦、代本的任免升迁，由驻藏大臣会同dl喇嘛拟写两份名单，呈报大皇帝选择任命。其余前藏大小文武官员由驻藏大臣和dl喇嘛委任，发给满、汉、藏三种文字执照。后藏官员依照前藏之制，由驻藏大臣和班禅协商委任，发给执照。2、宗教监管权方面。设置“金奔巴瓶”，嗣后dl喇嘛、班禅及藏区各地呼图克图“灵童”的认定，须由驻藏大臣监督主持，将其名字生辰年月，以满、汉、藏三种文字书于象牙签牌上，然后置于金瓶内当众掣出，报请中央政府正式批准。藏地各大寺院活佛人选，由dl喇嘛、驻藏大臣及呼图克图认定，并发给盖有以上三人印章执照。青海蒙古王公迎请西藏活佛，须由西宁大臣行文驻藏大臣发给通行护照。赴外地朝佛僧侣，亦得领取护照，始得通行。如若私自前往，一经查出，惩处该管堪布及札萨等主管人员。dl喇嘛所辖寺庙之活佛、喇嘛及全藏各呼图克图所属寨落人户，一律详造名册，于驻藏大臣衙门和dl喇嘛喇嘛处各存一份。3、军事方面。设三千名正规军队，前后藏各驻一千名，江孜、定日各驻五百，兵员由全藏征调。所征兵员造册两份，各存驻藏大臣衙门及噶厦。代本、如本、甲本、定本由驻藏大臣并dl喇嘛择选年经有为者充任，并发给执照。驻藏大臣每年分春秋两季出巡前后藏并检阅军队。军队粮饷由地方政府筹办，交驻藏大臣分春秋两季发给。军队所需弹药，由噶厦派人携带驻藏大臣衙门公文，赴工布地方制造下发。4、司法方面。对于一般案件的处理，“可以缘依旧规，但需分清罪行之大小轻重，秉公办理。”处罚犯人、没收财产等，必须登记，呈缴驻藏大臣衙门或报经驻藏大臣审批，始能处理。各地汉官、噶伦和宗本等，如有依仗权势，无端侵占别人财产，欺压或剥削人民事情，即可报告驻藏大臣予以查究。5、外事方面。外事集权于中央，一切西藏外事交涉权，统归驻藏大臣负责办理。西藏地方与外国行文，须以驻藏大臣为主与dl喇嘛协商处理。廓尔喀人往见，其回文须按驻藏大臣指示缮写。边境重大事务，更要根据驻藏大臣指示处理。外藩所献贡物，给dl喇嘛等人来文须呈驻藏大臣查阅，并代为酌定回书，交来人带回。所有噶伦不得私自向外藩通信，当外藩行文噶伦时，必须交驻藏大臣并dl喇嘛审阅处理，不得私自回信。外国来藏商旅，必须登记、造具名册呈报驻藏大臣衙门，按其路线签发路证，并在江孜、定日两地派兵驻扎，检查路证。外人来拉萨者，须向边境宗本呈报，经沿途检查，将人数报驻藏大臣衙门批准。西藏到廓尔喀塑建佛像的人，也由驻藏大臣签发路证，限定日期返回。6、财税方面。由驻藏大臣设置专门机构铸造银币，统一货币成色和折算比价，不允许西藏流通邻国货币。西藏地方收支，统由驻藏大臣审核，每年春秋各上报朝廷一次。济咙、聂拉木两地抽收大米、食盐及各种物品之进口税，依原例办理。除非请示驻藏大臣同意，地方政府不得私自增加税额。地方税收、乌拉等各种差役平均负担，实有劳绩需要优待免除差税者，由dl喇嘛并驻藏大臣协商发给免役执照。
　　《钦定藏内善后章程》是清朝中央政府总结元以来历代王朝对西藏治理的经验，为行使对西藏的完全主权而制定的一个重要的法律文献，它标志着清政府在西藏的施政达到了成熟和较完备的阶段。它的制定和实施，对于加强和发展中央与西藏地方的关系，密切祖国各民族之间的联系，巩固西南边防，防御外敌入侵，安定社会秩序，发展生产以及改善藏族人民的基本生活条件等，起到了良好的作用。
　　1804年八世dl喇嘛圆寂后，清朝命济咙活佛继续摄政，1807年摄政及广大僧俗向驻藏大臣请求，说寻访到的在四川邓柯地方出生的灵童确系“第五世dl喇嘛转世，请奏明皇上，免于金瓶掣签”，经驻藏大臣奏请，以皇帝批准免予金瓶掣签的方式，认定了九世dl喇嘛隆多嘉措（1805－1815），并于1808年在布达拉宫坐床。1811年摄政济咙活佛去世，清朝任命八世第穆活佛任摄政。1815年九世dl喇嘛圆寂，年仅十岁。1818年摄政等人仍通过驻藏大臣转奏，请求免予金瓶掣签认定他们在里塘寻访到的灵童为dl喇嘛的转世，被嘉庆皇帝驳回，驻藏大臣也因此受到申斥。按嘉庆皇帝的命令，另外再寻访两名灵童，与里塘的灵童一起，在1822年举行金瓶掣签，认定了里塘出生的灵童为十世dl喇嘛楚臣嘉措（1816－1837），并举行坐床典礼。因八世第穆活佛在1818年去世，清朝命出生于甘南在雍和宫任堪布的二世策墨林活佛出任摄政，所以此时的摄政是策墨林活佛。1830年，驻藏大臣兴科会同十世dl喇嘛和摄政，派噶伦夏扎等人为清查人员，对各个宗溪的户口、差税、封地文书、免役执照等进行审核清查，编写成清册，呈报dl喇嘛和驻藏大臣审批后，下发各宗溪遵照执行。这是清代西藏规模最大、最彻底的一次土地差税清查。1837年十世dl喇嘛圆寂，由摄政策墨林活佛组织寻访转世灵童，并在1841年举行金瓶掣签认定了十一世dl喇嘛凯珠嘉措（1838－1855），就在同一年，西藏军民还击败了得到英国殖民主义者支持的森巴军队对阿里的入侵。当时占据了拉达克地方的印度锡克族森巴人大头目倭色尔带兵侵占藏境，夺据达坝噶尔及杂仁、补仁三处营寨。驻藏大臣孟保先命噶伦才丹多吉和代本比喜领兵一千三百人往剿，后又派藏族官兵五百名兼程增援。翌年初，战斗结果为击毙包括倭色尔在内的森巴军官四十余人，歼灭敌兵二百余人，俘虏八百余人。拉达克头人及部落酋长纷纷献上兵器，达坝噶尔等地营寨及土地一千七百余里被收复，边境肃清。这是继反击廓尔喀两次入侵后，在驻藏大臣的主持下，取得的又一次军事胜利。